El tronco genealógico de los Marqueses de Falces comienza por Mosén Pierres de Peralta I, el Viejo, señor de las Villas de Peralta y Andosilla, Marcilla y Villanueva, Maestre-hostal o Mayordomo mayor del rey D. Carlos III y de su Consejo, Consejero y Secretario del Rey. Este tenía su palacio en Peralta, y por escudo heráldico de gules el grifo de oro, alado y armado de azur, la bordura cosida de gules, los ocho sotueres rebajados de oro. Mosén Pierres recibió la rica-hombría de Carlos III de Navarra en el año 1416, por lo que añadió a su escudo heráldico un cuarto de sus armas, o sea, la cuarta parte de las cadenas de las armas reales del monarca. Llegó a ser el primer personaje de la corte y como tal figura, en muchos acontecimientos célebres como la coronación de D. Juan II y de Dña. Blanca en Pamplona, o en el matrimonio de la infanta Dña. Blanca con el Príncipe de Asturias en Alfaro.
Fundó en el año 1438 el mayorazgo de Marcilla, que fue el primer mayorazgo establecido como tal en Navarra, con licencia del rey Carlos III hacia 1409. El mayorazgo de Marcilla lo estableció Mosén Pierres de Peralta para su primogénito, pues estuvo casado desde 1406 con Dña. Juana Ezpeleta, pero Juan de Peralta que nació los trece años de matrimonio y que fue apadrinado por el rey Carlos III y por la reina Viuda de Sicilia, murió en breve, por lo cual entró a poseer el mayorazgo de Marcilla el hijo segundo Mosén Pierres II, el Joven.
Mosén Pierres II de Peralta tuvo muchos hermanos: Juana de Peralta que casó con Felipe de Navarra, primer mariscal del reino; Margarita de Peralta, que fue abadesa de Tulebras; Martín de Peralta, futuro obispo de Pamplona en 1426.
Fue este rico hombre de Navarra, Señor de Marcilla y de los pueblos comarcanos, primer Conde de Santisteban de Lerín, Gran Condestable de Navarra, Mayordomo Mayor del rey D. Juan II y de su Consejo, y Capitán General de Navarra. Fue personaje de gran influencia sobre el monarca navarro y perduró en la memoria colectiva gracias al asesinato del obispo de Pamplona Nicolás de Eguía. Hizo testamento en Tudela el 6 de febrero de 1477 donde mandaba ser enterrado junto a su madre, Juana de Ezpeleta y junto a su mujer Ana de Bravante. Murió hacia 1492.
Casó dos veces Pierres II, una todavía siendo menor de edad con Ana de Bravante, el día 27 de diciembre de 1440, y las segundas nupcias se verificaron el 8 de junio de 1462 con Isabel de Foix, de la familia real navarra.
Con Isabel tuvo una única hija, Ana de Peralta, infanta de Navarra. De la primera mujer tuvo Mosén Pierres un hijo, Pierres III, que murió mozo, y una hija, Dña. Juana de Peralta, la cual fue heredera de todos los títulos y herencias. Esta casó con D. Troilos Carrillo, Conde de Agosta en 1467.
Fue Troilos Carrillo uno de los caballeros más garridos de Toledo, y se hizo célebre por haber liberado a D. Juan de Aragón cuando los franceses lo tenían sitiado en Perpignan en el año 1474. Don Troilos y Doña Juana tuvieron sólo un hijo que se llamó Alonso Carrillo y de Peralta, el cual vino a ser el primer marqués de Falces. Tercer conde de Santisteban de Lerín, dos veces Gran Condestable de Navarra, Gran Mariscal, Barón de Marcilla, Peralta y Falces.
Importante era este Troilos, pues el mismo emperador Carlos V le escribió a Marcilla el 5 de marzo de 1520 desde Valladolid, dándole cuenta de que se iba a coronar en Aquisgrán como emperador. Testó en 1533 donde dejaba la voluntad de ser enterrado junto a su mujer, Ana de Velasco, de la familia de los Condestables de Castilla. Estos tuvieron tres hijos, Antonio, Pedro y Luis.
Don Antonio Peralta y Velasco, I del nombre, II marqués, heredó la baronía y por lo tanto el palacio y el pueblo de Marcilla. Fue excelente navarro que defendió a los legítimos reyes D. Juan de Albret y Dña. Catalina de Foix. El 17 de marzo de 1516, al frente de las tropas invadió Navarra, ayudando a D. Juan a recuperar el trono. Tras muchos sucesos se retiró a Marcilla. Su mujer era francesa, Dña. Ana de Bosquet. Tanto el marqués como la marquesa murieron seguidamente, ambos en 1545. Tuvieron varios hijos que murieron jóvenes y sin hijos. El heredero fue D. Gastón de Peralta, III marqués y barón de Marcilla. Nació en Pau cuando sus padres andaban al servicio del infortunado rey de Navarra. Obtuvo muchos títulos y preeminencias en la corte de Felipe II, llegando a ser virrey de México.