Siglo XV:Nacimiento del castillo
En el año 1407, Carlos III el Noble a instancias de Mosén Pierres de Peralta, consigue del papa Luna, Benedictino XIII, que desterrara a las monjas cistercienses que residían en el monasterio. El rey navarro pasó el señorío de Marcilla a propiedad del de Peralta, quien cedió el monasterio a la Oliva, en Carcastillo. A aquél noble se debe la construcción del castillo-palacio de Marcilla que después pasaría a sus herederos los marqueses de Falces.
El monumento más importante de Marcilla es sin duda el castillo levantado en el siglo XV por Mosén Pierres de Peralta, y que se sitúa en el centro de la Villa. Además de un papel defensivo, esta fortaleza desempeñó el de mansión palaciega de los marqueses de Falces, descendientes de Pierres de Peralta. Las obras se debieron iniciar a finales del reinado de Carlos III quien contribuyó con materiales y dinero, mil libras fuerts. En época de Alonso Carrillo de Peralta, primer marqués de Falces, nieto de Mosén Pierres, por merced de Fernando el Católico se construía el pórtico renacentista a la vez que se reformaban las partes altas de las torres. El castillo fue defendido en 1516 por doña Ana de Velasco, esposa de Alfonso Carrillo, quien impidió su demolición, hecho que sucedía a todos los castillos del antiguo Reyno de Navarra, por orden del cardenal Cisneros, tras la ocupación militar de Navarra.